Bioteknologi


Heia! Lure på en liten oppgave og den er som følger:

Som ansatt på et laboratoriet har du fått i oppgave å sjekke DNA fra en pasient for en kjent
mutasjon. Du har lite DNA fra pasienten. Hvilke laboratorieteknikker ville du brukt for å finne
ut om pasienten har denne mutasjonen?

Hvilke(n) teknikk(er) hadde vært gunstig å bruke i det her tilfellet? Vil ikke ha fasit med engang, vil gjerne komme fram til det gjennom drøfting smile
Replies

1) Få DNA til å "former seg", så det er nok materiale til analyse.
2) Søke etter den muterte sekvensen.
Det er flere måter å gjøre punkt 2 på.
Du finner mye stoff om dette på nett...
Hvordan kan man finne den muterte sekvensen?
Sekvensering av DNA er det en måte å finne den muterte sekvensen?
Sekvensering er en mulighet.
Hybridisering er en annen: En lager en stump syntetisk DNA med en kjent sekvens, og en eller annen markør. For eksempel en farge. Når en "smelter" ukjent DNA sammen med en kjent sekvens, vil de to kunne komme sammen når blandingen "størkner". Hvis den kjente sekvensen er til stede i det ukjente DNAet, vil en få utslag for slike par. Vanligvis har en mange (tusenvis) av kjente sekvenser. Se:
https://no.wikipedia.org/wiki/DNA_mikromatrise
Når man skal sekvensere, tar man først da ifølge boka å tilsette enzymer som først klipper opp dobbelttråden i biter. Deretter blir det dannet enkelttrådet DNA. Vanlige nukleotider blandet med nukleotider som i strukturen er litt annerledes enn nukleotidene i DNA. Så blir DNA-bitene skilt etter størrelse på en gel og leses av, sekvenseres.

Spørsmålet mitt er da; er det da man kan muligens oppdage den muterte sekvensen, på den siste delen hvor det blir lest av på gelen? Er det akkurat som når man skal gjennom sikkerhetskontroll og da piper det når man bærer metall eller lignende som ikke skal inn??
Nei. Sekvensering blir mer som å lese gjennom en katalog. Olsen, Olsen, Ohlsen, ....
Så hvis vi sier at f.eks Ohlsen er den muterte sekvensen, så leses det av og vi kan dermed bekrefte at pasienten har den type mutasjon?
Nettopp! (Og enkelte mutasjoner er nettopp slike som endrer ett tegn.)
Okei. Bare for å oppsummere. Svaret til oppgaven er kort sagt:

1. Vi isolerer DNA - et
2. Polymerasekjedereaksjon (PCR) for å lage mange kopier av DNA - biter
3. Gelelektroforese (skiller ut genet man ønsker)
4. DNA - sekvensering til slutt. Der ser man på baserekkefølgen og ser etter eventuell mutasjon.